1998年12月，威斯克加入新东家HCF。艾达王成为其手下。克莱尔在安布雷拉巴黎总部被逮捕，并被押送至南美洲的洛克福特岛监禁。
向洛克福特岛进行轰炸，并投下病毒。洛克福特岛被感染。克莱尔在混乱中逃出监狱，并结识了囚犯史蒂夫。克莱尔在岛中遇见了精神已经几近失常的阿尔弗雷德。克莱尔和史蒂夫乘坐飞机准备离开洛克福特岛，却被阿尔弗雷德设定了飞机的自动驾驶，飞机飞向南极基地。
12月28日，克里斯得知妹妹被关押至洛克福特岛，于是前往。而威斯克也得知T-veronica病毒的存在，于是在岛上，两人事隔一年后再一次相遇。从威斯克的口中克里斯妹妹已被劫至南极，克里斯也赶去。
在南极基地，阿尔弗雷德被史蒂夫击中。生命的最后一刻，阿尔弗雷德唤醒了自己沉睡了数十年的妹妹阿莉希亚。而史蒂夫被阿莉希亚抓住，注射了与亚历山大一样的病毒，开始变异。面对克莱尔，失去理智的史蒂夫疯狂追杀，在最后一刻终于清醒，表达了对克莱尔的爱意后，史蒂夫死亡。
威斯克遇见阿莉希亚，而他要求阿莉希亚交出T-veronica病毒。阿莉希亚在狂笑中开始露出怪物真身，而威斯克在与其交手后感到无法控制阿莉希亚，遂逃走。随后，克里斯与阿莉希亚正面对决，而她开始展露T-veronica的威力。T-Veronica病毒使人具备了飞翔的能力，并能召唤昆虫，普通物理攻击对其均没有效果，但由于阿莉希亚的冷冻期不足，被阿尔弗雷德提前唤醒仍然具有较大缺陷，因此阿莉希亚最终仍然被克里斯用线性激光炮干掉。
阿莉希亚死亡后，威斯克救活了史蒂夫，并在阿莉希亚身上提取了T-veronica病毒。他在南极基地已经得到自己想要的东西，而剩下的就是和克里斯的恩怨。克里斯启动了南极基地自爆装置，而威斯克劫持了克莱尔。克里斯对威斯克说，“我们的恩怨，就在今天做一个了断吧！”
威斯克放走了克莱尔，克里斯示意克莱尔去启动飞机，而克里斯与威斯克，这两位从前的同事、战友，背负着各自的仇恨，在南极冰原上打得你死我活，却没有分出胜负。南极基地即将爆炸，而克里斯与克莱尔也搭乘飞机逃出，威斯克也载着史蒂夫利用潜艇逃出。
《枪下游魂4生化危机英雄不死》故事开始
安布雷拉高层管理人员莫菲斯把病毒私自卖给中东的junhuo商人，此事被斯宾塞得知，斯宾塞大发雷霆。2002年8月下旬，安布雷拉宣布解除莫菲斯的所有职务。
2002年9月，莫菲斯率领自行组织的雇佣兵抢夺了安布雷拉位于巴黎研究所内的T-G合成病毒。随后，莫菲斯劫持了安布雷拉高层人员度假用的豪华油轮，在油轮上散布了T病毒，整艘船受到了病毒感染。同日，莫菲斯以发射携带T病毒的导弹为要挟，分别向中、美两国政府勒索50亿美元。
次日，美国政府派遣中央情报局特工布鲁斯·麦克文（Bruce·McGivern）潜入该油轮，在油轮中与中国国家安全局特工凤玲（FongLing）一起将注射了T-G病毒变异后的莫菲斯消灭，并且炸毁了安布雷拉在中国南海附近的研究所。
《生化危机 安布雷拉历代记》故事开始
赛格尔·维德米尔在俄罗斯成功研制出以“T-ALOS”为基础的生物兵器。而同时间，安布雷拉内部的危机越来越重，资金链开始出现断层，业绩大幅下滑。斯宾塞希望该兵器能够卖个好价钱，以此来让安布雷拉获得重生。
2003年1月下旬，威斯克和吉儿、克里斯都得知了这一消息。三人前往俄罗斯。安部雷拉位于俄罗斯的高加索病毒工厂被捣毁。安布雷拉大势已去。
2003年5月，安部雷拉股票跌至冰点。与此同时，数十年来一直被安部雷拉所压制的另一家制药公司----三联制药开始渐渐抬头，三联笼络了大量从安部雷拉辞职的研究员。之后安布雷拉宣布破产，美国政府承认安布雷拉的犯罪行为，并把所有责任都推卸给安布雷拉公司。全球的制药行业开始遭遇雪崩般的经济打击，民众不再信任制药业，其业绩和使之连日下滑。
暴君开始在黑市出现，有感于暴君的泛滥及制药业面临的困境，全球制药协会决定成立一个组织来处理这类事件。这个组织被命名为BSAA（生化恐怖防御与评估联盟）。创建者是11名来自社会各个阶层的精英，他们都在不同的情况下经历了生化病毒泄露事件。11名成员当中就有克里斯与吉儿。这个组织受联合国直接管理，因此可以在联合国缔约国内自由行动，总部设在英国。罪魁祸首斯宾塞下落不明。
2003年8月三联开始在全世界收购安部雷拉原来的制药基地。10月，吉儿与克里斯找到斯宾塞。但同时威斯克也抢在两人前面赶到。斯宾塞向威斯克坦露了他的身世，气急败坏的威斯克杀死了斯宾塞。吉儿和克里斯与斯宾塞展开搏斗，最后吉儿与威斯克一起跌落山崖，生死未卜。
2003年10月起BSAA在全球开始了大规模搜寻吉儿与威斯克下落的活动，但始终没有任何线索。
《生化危机4》故事开始
2004年5月22日美国总统女儿阿什莉·格林汉姆失踪。白宫得到线报，阿什莉极有可能在欧洲，白宫委派特别情报员里昂前往欧洲，寻找阿什莉·格林汉姆的下落。
在拯救的途中他发现阿什利的绑架者是一个神秘的宗教团体，名叫“Los Illuminados”（西班牙语：照亮的道路。勿与Illuminati混淆），教主是奥斯穆德·萨德勒（Osmund Saddler）。
利昂在村庄的房间救出了一个神秘男子路易斯·赛拉（Luis Sera），从他口中得知阿什利正在被关在村内的教堂二楼，就是这个时候村长比特罗斯·门德斯（Bitores Mendes）出现，利昂跟村长交手可谓不堪一击，利昂及路易斯都被击晕了。同时，奥斯穆德出现，并且在利昂身上注射了寄生体“Las Plagas”。利昂醒过来的时候在山谷的另一边，他跟路易斯避开村民的袭击后，路易斯便独自逃去。利昂回到村庄的教堂救出了阿什利，并且利用强大武器击倒了村长，于是离开神秘村庄，一心等待美国联邦派来的直升机，但是大量村民赶到，于是利昂带着阿什利进了一座古堡。
利昂跟阿什利遇上了堡主雷蒙·萨拉查（Ramon Salazar），堡主在地下矿场利用村民发掘寄生体Las Plagas并且供给Los Illuminados。在这期间，路易斯找到了能够协助利昂及阿什利解开身上的寄生体的药物及寄生体样本，原来他曾经是Los Illuminados的研究员，然而奥斯穆德·萨德勒却在关键时刻出现夺走了样本，并把路易斯杀害。其后利昂重遇了艾达·王，他在《生化危机2》后已经得知艾达是威斯卡（Albert Wesker）派来的间谍，所以他对艾达的再次出现充满怀疑，但被艾达逃去。利昂始终很关心这个埋藏在心中的女子。阿什利被萨拉查捉了及送到遥远的有军事设施后，利昂击倒了萨拉查后再次遇上艾达，埃达询问英俊的利昂需不需要送他一程，利昂以尴尬的表情回答。
利昂在孤岛上重遇据报在两年前直升机失事死亡的战友杰克·克劳萨（Jack Krauser）。原本他是Umbrella公司的威斯卡派了来到这里做卧底。
利昂成功抢救了阿什利并且逃脱。但是，艾达成功夺取了Las Plagas样品，可能使Umbrella公司势力再起。
CG电影《生化危机 恶化》故事开始
2004年8月克莱尔加入一个名为NGO民间组织，该组织以呼吁全世界各国抵制生化病毒为主旨。全球再次爆发大规模反生化武器的游行shiwei，NGO成员是这次游行shiwei的主要发起人。但许多激进的shiwei者藉此机会大肆烧杀抢掠，给游行蒙上了一层阴影。在这之后NGO成员开始低调行事，并不再发起类似的游行活动。
2005年1月在美国政府的授意下，一家名为WIL的制药公司成立。该公司的主要目的是研发生化病毒的相关疫苗。这家公司很快引起了NGO的注意。不少新闻报道指责WIL公司利用活人进行生化病毒的实验。
2005年4月10日克莱尔在美国洛杉矶的机场遭遇了生化病毒泄露事件，白宫派出里昂前往处理。里昂与克莱尔发现这起病毒泄露事件是NGO公司刻意而为，目的则是向全世界展示病毒疫苗的实用性，但却被一名浣熊事件的受害者弗莱德·单威格破坏，连同WIL公司的研发基地也被感染了G病毒之后的弗莱德摧毁。2005年6月三联制药收购了WIL公司。
《生化危机5》故事开始
2008年4月非洲一个小国发生政变，总统被杀，政变者解散了政府。联合国宣布对该事件表示关注，并且宣布有可能进驻维和部队。当地政变者从黑市购买了生化武器。
2008年4月25日BSAA得到这一消息，克里斯从北美赶去处理此事，并与当地负责人席娃联络上。果不其然，当地发生了大规模的病毒感染。
克里斯发现当地生化病毒感染事件的元凶是威斯克与三联。而且吉儿也出现在了那里，并且成为了威斯克的帮凶。原来吉儿当初摔下悬崖重伤不治，威斯克利用宿主病毒控制了吉儿的心智。而威斯克决定要把衔尾蛇病毒扩散到全世界。
2008年4月27日克里斯救出了吉儿，与席娃一道离开了非洲。克里斯完成了他在十年前南极基地里的话，而威斯克与他的野心，也随着喷发不息的火山熔浆当中渐渐消失而逝。
